Интенсивное развитие методов флуоресцентной микроскопии в конце XX-го века привело к возникновению конфокальной и двухфотонной микроскопии. Высокая контрастность и большая глубина фокуса, по сравнению с традиционными флуоресцентными методами (см. микроскопия, флуоресцентная), а также возможность послойного сканирования образцов позволяют относительно легко создавать трехмерные изображения отдельных клеток, срезов тканей и небольших организмов, что и обусловило широкое распространение методов (особенно — конфокальной микроскопии) в медико-биологических приложениях. Следует заметить, что конфокальная микроскопия обладает чуть более высоким разрешением в фокальной плоскости по сравнению с традиционными подходами и двухфотонной микроскопией.