Возникновение термина «суперструктура» обусловлено тем, что структура поверхностного слоя может сильно отличаться от структуры нижележащих слоев кристалла, причем это имеет место даже для атомарно-чистых поверхностей, в отсутствие каких-либо посторонних адсорбатов.

Запись для обозначения определенной суперструктуры связывает ее двумерную решетку с решеткой идеальной плоскости подложки. Обычно это делается с помощью одного из двух способов, представленных ниже.

Запись, предложенная Парком и Мадденом, заключается в определении матрицы, которая устанавливает связь между векторами примитивных трансляций поверхности и векторами примитивных трансляций идеальной плоскости подложки. Если ,  и ,  — векторы трансляций суперструктуры и плоскости подложки соответственно, то они могут быть описаны соотношениями

и суперструктура может быть представлена в виде матрицы

Иногда используется и запись в виде .

Более наглядная, но менее универсальная запись была предложена Элизабет Вуд. В этой записи указывается отношение длин векторов примитивных трансляций суперструктуры и плоскости подложки. Если необходимо, то указывается и угол, на который следует повернуть элементарную ячейку поверхности, чтобы ее оси совместились с векторами примитивных трансляций подложки. Таким образом, если на поверхности подложки  образовалась суперструктура с векторами примитивных трансляций

и углом поворота , то эта суперструктура описывается в виде

.

Если оси элементарной ячейки совпадают с осями подложки, т. е.  = 0, то нулевой угол поворота не указывается (например, . Для обозначения центрированной решетки используется буква c (например, . Если образование суперструктуры вызвано адсорбатом, то в конце записи указывается химический символ этого адсорбата (например, .