Принцип действия просвечивающего электронного микроскопа практически аналогичен принципу действия оптического микроскопа, только в первом используются магнитные линзы вместо стеклянных и электроны вместо фотонов. Пучок электронов, испускаемый электронной пушкой, фокусируется с помощью конденсорной линзы в маленькое пятно ∼2–3 мкм в диаметре на образце и после прохождения через образец фокусируется с помощью объективной линзы для получения проекции увеличенного изображения на специальном экране образца или детекторе. Очень важным элементом микроскопа является апертурная диафрагма, расположенная в задней фокальной плоскости объективной линзы. Она определяет контраст изображения и разрешающую способность микроскопа. Формирование контраста изображений в ПЭМ можно объяснить следующим образом. При прохождении через образец пучок электронов теряет часть своей интенсивности на рассеяние. Эта часть больше для более толстых участков или для участков с более тяжелыми атомами. Если апертурная диафрагма эффективно отсекает рассеянные электроны, то толстые участки и участки с тяжелыми атомами будут выглядеть как более темные. Меньшая апертура увеличивает контраст, но приводит к потере разрешения. В кристаллах упругое рассеяние электронов приводит к появлению дифракционного контраста.