Отличительной особенностью ВЭЖХ от остальных методов жидкостной хроматографии является применение высокого давления при пропускании подвижной фазы через колонку (до 250 бар) и микрозернистого сорбента (размер частиц порядка мкм) для разделения вещества в колонке длиной от 2 до 30 см.

В зависимости от механизма разделения, различают распределительную, ионообменную, адсорбционную и гель-хроматографию. На практике наибольшую известность приобрела распределительная (обращенно-фазовая) хроматография.

Хроматографическое разделение проводят на приборе, называемом хроматографом. Прибор состоит из насосной системы, дозатора для проб, колонки, детектора и устройства для сбора и обработки данных (см. рис.). Насосная система служит для непрерывного пропускания по движной фазы через колонку. Ввод пробы осуществляется через дозатор (или инжектор), процесс разделения происходит на колонке со специальным сорбентом, как правило, это химически модифицированная поверхность зерен силикагеля.

Графическим представлением результата разделения является хроматограмма, которая представляет собой зависимость сигнала детектора от времени анализа. Каждое вещество изображается в виде пика, площадь которого прямо пропорциональна концентрации вещества в смеси.